Ο Φραγκισκανικός Ioannes Fidanza ή Bonaventura όπως έγινε γνωστός (1217–1274), ήταν λόγιος με βαθιά επαφή με τον πλατωνισμό. Συγκαταλέγεται στις κορυφαίες πνευματικές μορφές του λατινόφωνου Μεσαίωνα. Θεμελιώνει τη μυστική σκέψη που έπεται, αναπτύσσει ένα χριστοκεντρικό θεολογικό σύστημα, πλούσιο σε συμβολικές αναφορές, στο οποίο ο αυγουστίνειος νεοπλατωνισμός αντιπαρατίθεται στον σχολαστικό αριστοτελισμό.
Διατέλεσε καθηγητής θεολογίας στο Πανεπιστήμιο του Παρισιού, επικεφαλής του φραγκισκανικού μοναστικού τάγματος και καρδινάλιος της Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας. Ανέπτυξε ένα ευδιάκριτο θεολογικό-φιλοσοφικό σύστημα, βαθιά επηρεασμένο από τον αυγουστίνειο νεοπλατωνισμό και τη φραγκισκανική πνευματικότητα.
Ο Μποναβεντούρα γράφει όταν πια έχει εν πολλοίς επιτευχθεί η μεγάλη σύνθεση αριστοτελισμού και χριστιανισμού κατά τον 13ο αιώνα. Μολονότι στα γραπτά του αξιοποιεί συστηματικά βασικές θέσεις της αριστοτελικής λογικής, φυσικής και ψυχολογίας, ο Μποναβεντούρα ασκεί ευθεία κριτική –νεοπλατωνικής προέλευσης– στην αριστοτελική μεταφυσική.
Σε αντίθεση με τον Θωμά Ακινάτη , του οποίου υπήρξε συγκαιρινός και συνάδελφος στο Πανεπιστήμιο του Παρισιού, ο Μποναβεντούρα δεν δέχεται ότι ο Αριστοτέλης κατέδειξε την αλήθεια στην οποία μπορεί να φτάσει ο ανθρώπινος νους εάν αυτός αρκεστεί στα δικά του και μόνο εφόδια, δηλαδή ανεξάρτητα από το δώρο της πίστεως. Η μεταφυσική του Αριστοτέλη , κατά τον Μποναβεντούρα, δεν είναι απλώς περιορισμένη ως προς το εύρος και το πεδίο της –είναι εσφαλμένη.
Ο θεός του Αριστοτέλη, οριζόμενος ως νόησις νοήσεως, δεν μπορεί να νοήσει τίποτε άλλο πέρα από τον εαυτό του. Αυτό όμως σημαίνει ότι δεν μπορεί να νοήσει τον κόσμο. Αλλά αν δεν μπορεί να νοήσει τον κόσμο, δεν μπορεί και να αγαπήσει τον κόσμο, πράγμα που ακυρώνει τη δυνατότητα της θείας πρόνοιας. Επιπλέον, για τον Αριστοτέλη ο κόσμος είναι αιώνιος, πράγμα που ακυρώνει τη δυνατότητα της ελεύθερης κτίσεως του κόσμου από τον θεό. Η αριστοτελική μεταφυσική, συμπεραίνει ο Μποναβεντούρα, είναι ασύμβατη με τη χριστιανική αλήθεια.
Η κριτική του Αριστοτέλη στις πλατωνικές Ιδέες είναι, κατά τον Μποναβεντούρα, επίσης εσφαλμένη. Σύμφωνα με τον Μποναβεντούρα, ο οποίος αναπτύσσει εδώ ένα κεντρικό μοτίβο της αυγουστίνειας θεολογίας, οι Ιδέες, τα αιώνια αρχέτυπα των κτισμάτων, δεν υφίστανται αυτοτελώς• υφίστανται εντός του θείου νου. Ο θεός γνωρίζει τον εαυτό του, και η γνώση του αυτή είναι ο θείος Λόγος –ο Υιός. Όλα τα κτιστά όντα υπάρχουν μετέχοντας στον Λόγο. Ο Λόγος δεν είναι χωρισμένος σε πολλές ιδέες• η εντύπωση του πλήθους των ιδεών παράγεται εξαιτίας της ανθρώπινης αδυναμίας να νοήσουμε τον Λόγο στην ενότητά του. Αν αρνηθούμε τις Ιδέες, υποστηρίζει ο Μποναβεντούρα, αρνούμαστε τη δυνατότητα μιας βέβαιης γνώσης. Η βέβαιη γνώση προϋποθέτει τη μεσολάβηση των Ιδεών, δηλ. του θείου Λόγου.
Ο Μποναβεντούρα υιοθετεί τη νεοπλατωνική αρχή σύμφωνα με την οποία τα όντα απορρέουν από μια πρώτη αρχή, την οποία αντικατοπτρίζουν και προς την οποία επιστρέφουν. Μεταξύ θεού και όντων υπάρχει μια σχέση ομοιότητας (similitudo). Κάθε ον είναι ένα ίχνος (vestigium) ή μια σκιά (umbra) του Θεού. Μεταξύ Θεού και ανθρώπου, ωστόσο, υπάρχει μια ανώτερη σχέση ομοιότητας: το έλλογο ον είναι εικόνα (imago) του Θεού. Ο Μποναβεντούρα αναπτύσσει το αυγουστίνειο και φραγκισκανικό μοτίβο σύμφωνα με το οποίο ο άνθρωπος κατορθώνει τον ύψιστο σκοπό του, την ευδαιμονία, στρεφόμενος όχι στα αισθητά χνάρια του θεού, αλλά στο εσωτερικό της ψυχής του: στην εικόνα του θεού. Η ιδέα μιας βαθμιδωτής ανάβασης της ψυχής από τα αισθητά όντα στον θεό αναπτύσσεται συστηματικά στο Itinerarium mentis ad Deum (Οδοιπορικό του νου προς στον Θεό) του Μποναβεντούρα, ένα από τα διασημότερα κείμενα του σχολαστικού μυστικισμού.